案號：臺北高等行政法院95.09.21.九十四年度訴字第3054號判決
法院：臺北高等行政法院裁判
日期：095年09月21日(民國)
日期：2006年09月21日(公元)
案由：營利事業所得稅
類型：行政
臺北高等行政法院95.09.21.九十四年度訴字第3054號判決全文內容
臺北高等行政法院判決
94年度訴字第03054號
原告臺灣富美家股份有限公司
代表人 郭壽隆 （董事長）
訴訟代理人 袁金蘭 （會計師）
林瑞彬 律師
被告財政部臺北市國稅局
代表人 許虞哲 （局長）
訴訟代理人 張剛卿
林以福
上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國94年7月
25日臺財訴字第09400303790號（案號：09400606）訴願決定，提起行政
訴訟。本院判決如下：
主文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實
壹、事實概要：
原告民國（下同）87年度營利事業所得稅（以下簡稱營所稅）結算申
報，經會計師查核簽證申報課稅所得額為虧損新臺幣（下同）129,27
0,681元，原告88年8月份前之帳簿憑證於88年9月15日發生火災而
毀損滅失。經被告初查按前3年核定純益率之平均數2.73%核定全年
所得額30,079,011元。原告不服，申請復查，經被告以93年12月30日
財北國稅法字第0930222045號復查決定（下稱原處分）駁回，提起訴
願，復遭財政部決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
貳、兩造聲明：
一、原告聲明：求為判決
、訴願決定及原處分均撤銷。
、訴訟費用由被告負擔。
二、被告聲明：求為判決如主文所示。
參、兩造之爭點：
一、原告主張之理由：
、被告所據以核定本案之依據為行為時營所稅查核準則第11條第2項設
算課稅所得之規定與租稅法律主義相違，不應予以適用：
１、行為時營所稅查核準則（即財政部於93年1月2日修正前之查核準則
）第1條規定：「本準則係依稅捐稽徵法、所得稅法、營業稅法、促
進產業升級條例、中小企業發展條例、商業會計法、稅捐稽徵機關管
理營利事業會計帳簿憑證辦法、商業會計處理準則及其他有關法令之
規定訂之」。惟前開法令於當時均無授權財政部訂定查核準則，故僅
為稽徵機關為協助下級機關或屬官依前揭法律之稅基規定認定事實及
行使裁量權，而訂頒之解釋性規定及裁量基準之「行政規則」，係對
內部發生拘束訂定機關及指導下級機關及屬官之效力，並不對外發生
效力。基於租稅法律主義，更不可能自行規定「稅基」，該查核準則
第11條係創設帳冊憑證因不可抗力或因公調閱而滅失時設算該年度課
稅所得之規定，係屬以推定方式計算納稅義務人「估計」全年度之課
稅所得額，顯屬一種推計課稅方式，而絕非稅基已有法律規定後而為
之細則性、解釋性規定，且推計課稅必須有法律依據，在無明確法令
依據下，被告逕自依「行政規則」於所得稅法無任何明確授權之情形
下創設推計課稅之標準，推計核定原告之課稅所得依前3年度該事業
之平均純益率計算，實有應適用而不適用租稅法律主義即憲法第23條
限制人民權利應以法律為之規定之顯然錯誤。
２、於92年1月15日修正公布之所得稅法第80條第5項增訂「稽徵機關對
所得稅案件進行書面審核、查帳審核與其他調查方式之辦法，及對影
響所得額、應納稅額及稅額扣抵計算項目之查核準則，由財政部定之
。」之規定，始賦予財政部得對前揭項目訂定查核準則之授權依據，
參照93年1月2日修正公布查核準則部份條文之修正總說明亦明載「
營利事業所得稅查核準則配合兩稅合一制之實施，已於八十七年十二
月三十日作大幅修正。茲為配合九十二年一月十五日修正公布之所得
稅法第八十條第五項『賦予』本準則法律授權依據」，顯見財政部亦
承認在92年1月15日前查核準則並無法律授權依據，於93年1月2日
修正公布之查核準則第36條之1始屬依所得稅法第80條第5項規定授
權所訂定者之一，始有明確之法律授權依據，是在92年1月15日所得
稅法第80條第5項修正公布之前，被告顯係以無法律明確授權之查核
準則，就足以影響人民財產權之租稅法律事項予以規定，顯有應適用
憲法第23條法律保留原則及司法院釋字第217號、第218號及第313
號解釋而未適用之顯然錯誤。
３、所得稅法第80條第5項明載財政部僅獲授權就稽徵機關對所得稅案件
進行書面審核、查帳審核與其他調查方式之辦法，及影響所得額、應
納稅額及稅額扣抵「計算項目」而訂定新查核準則，故縱退萬步言，
認為財政部仍有權訂定舊查核準則，依所得稅法第80條第5項明確訂
定之前揭授權範圍，亦可知財政部僅有權對稅基已確認後之計算方式
及調查方法予以規定，查核準則絕不能無法律依據自創稅基或推計課
稅之規定甚明。而所謂「調查方法」，財政部固可基於其行政職權要
求其所屬行政機關採取若干調查方法，但自該法條之文義解釋及體系
解釋即可知，該「調查方法」決不能導致影響所得額之結果，而應僅
係稅捐機關可作為調查依法應課徵之稅捐是否存在之參考。
４、於本案中，被告以原告憑證滅失而依據原告前3年度純益率核課稅捐
，乃係依據行為時查核準則第11條第2項前段規定作為設算所得之唯
一方法而否准原告之主張，顯然忽略該查核準則並無任何明確之法律
授權，使行政機關有權對憑證滅失者強制以前3年平均純益率核課營
所稅，該查核準則之規定應僅係為被告之參考，該條顯非僅係執行所
得稅法之技術性及細節性事項，被告之核定已然違反租稅法律主義及
侵害憲法保障之人民財產權，且有違司法院釋字第217號及218號解
釋關於租稅法律主義及推計課稅應力求與實際所得相當之意旨，實質
上等於是應適用司法院釋字第217號、第218號及第313號解釋而未
適用，有適用法規顯然錯誤之違法至灼。
、原告經會計師依所得稅法及相關法令查核簽證之結算申報書為證，以
說明系爭年度虧損資料，具有證明原告系爭年度實為虧損之效力，其
證明效力顯然大於被告所主張之前3年度平均純益率：
１、按「法院應依職權調查事實，儘可能避免發生真偽不明情形，但終究
礙於人類認識能力之有限性，訴訟程序的結果，仍有可能存有『真偽
不明』，有賴於依舉證責任解決此問題。．．．依職權調查主義之程
序，必須進行至事實明確，或事實之不明確已無法再被排除之程度。
」為學者 吳東都 所著之「行政訴訟之舉證責任－以德國法為中心」所
明載。次按行政訴訟法第125條規定可知，於行政訴訟階段，行政法
院必須使雙方充分闡明系爭案件之事實並各為舉證，直至事實明確，
或事實之不明確已無法再被排除之程度。本案之爭點為：「在原告因
憑證滅失而使系爭年度應課稅所得額無法充分確認下，應如何考量主
客觀因素方能使原告系爭年度之租稅負擔趨於合理。」，揆諸前揭說
明，行為時查核準則第11條第2項唯一合法合憲之解釋即為縱稅務機
關有權將原告憑證滅失年度之純益率以前3年度平均純益率推定估計
之，但絕不能限制納稅務人提出足以推翻該估計不符事實之反證，而
據以否定該估計。
２、本案原告僅為單純之工業及裝飾用耐火板之製造業者，致力於本業之
營運，並未有複雜之轉投資等業外行為（原告長期股權投資佔資產總
額之比例不到1%），其營業損益之組成亦相當單純而容易預測或追
溯重建，例如被告若有依職權盡其調查之責，自可將被告系爭年度之
所有營業稅之銷項發票及進項發票一一勾稽核對出原告當年度之總收
入、總成本及營業毛利，再依原告員工之薪資所得扣繳憑單減去薪資
費用，或其他人收到之扣繳憑單，如原告給付之租金、執行業務所得
等皆有稅務機關之正式憑證可稽，更何況原告之固定資產佔其資產總
額之比例高達59%，其折舊費用金額必相當龐大，此部分亦可透過固
定資產使用年數去推估當年度應計之折舊費用，此等收入費用之認列
皆不因憑證是否滅失而有異其為收入費用之本質，亦有稅務機關之正
式憑證供核，被告怠為此等調查事實義務，僅依據顯非合理之舊查核
準則規定草率核課，顯有未洽；如被告依職權調查之後，將仍可依法
認列之收入與費用仍認為原告之盈餘有任何接近3千餘萬之可能，原
告自無任何加以抗辯之理，惟被告不思此之途，竟僅為增加稅收之目
的反黑為白，將會計師查核簽證後應為虧損1億3千餘萬之所得額強
指為盈餘高達3千餘萬之所得，就此事實無須專業財務會計背景或商
業經營經驗，即可依常理推論此等由大虧變大盈之情形，除非被告可
證明會計師之查核有嚴重疏失，要謂會計師之查核結果會與事實完全
相反顯絕無可能，被告及訴願決定機關捨棄證明能力較強之會計師查
核簽證報告而不予採用，反而刻意選擇以行為時查核準則規定核課，
未依職權盡其調查義務，在經濟實質尚可經由調查而儘可能趨近實質
課稅原則之前提下，竟濫用推計課稅原則錯誤核課原告之所得，顯非
適法。
、原告該年度營所稅申報業經會計師依所得稅法及相關法令查核申報，
具有一定公信力：
原告87年度營所稅結算申報係經會計師依所得稅法及相關法令辦理查
核簽證，且會計師查核時程為88年上半年，當時火災尚未發生，帳簿
憑證俱在，可供會計師作出完整查核，會計師根據當時87年度完整帳
簿憑證資料依法調整各項損益項目，據以申報營所稅，完全符合所得
稅法令之規定。另依據會計師代理所得稅簽證辦法第14條規定「稽徵
機關對於會計師依本辦法代理所得稅簽證申報案件，除對所提供之查
核報告、查核工作底稿以及其他有關報表說明尚有疑問或認為尚有應
行查核事項，得向該會計師查詢，或通知會計師限期補具查核說明文
件，或通知會計師向委託人調閱帳簿文據並備詢說明外，應就書面查
核認定。」然被告除於89年4月19日發函借閱會計師工作底稿及90年
6月19日發函要求會計師補充說明及檢附相關資料供核外，並未向原
告要求調閱87年度帳簿文據並備詢說明，是以，原告原始帳簿憑證雖
已因火災滅失，但平常帳務處理係以電腦登帳，相關電子帳簿均已備
份保留，故可提示相關帳簿文據資料，且調查當時尚未逾稅法規定憑
證保存期限，故原告於88年9月份已知被告帳簿滅失，如被告於當時
對原告帳列成本費用原始憑證有所疑義即認除會計師底稿及會計師補
充說明函外尚有調查帳簿憑證之必要，原告必可竭盡所能，與往來廠
商溝通要求其補提供相關憑證提示予被告，或比照查核準則第11條第
1項另設新帳並依據原始憑證重新列帳，供被告重新依法查帳核定。
然被告於89年4月依稅捐稽徵法第30條調閱工作底稿時並未同時要求
調閱原告帳簿文據亦未要求原告備詢說明，於審閱所調閱之資料後，
也從未要求原告提示任何相關證據，即率而以前3年度平均利潤率核
定原告87年度營所稅，其顯無法證明被告確已具依查核準則第11條第
3項核定之權能，更顯違反誠信原則，而應予撤銷。
、查核準則第11條規定對簽證申報之納稅義務人並非合理，未符合實質
課稅原則及平等原則，不應加以適用：
原告除已辦理結算申報外，其申報書亦業已經會計師查核簽證，然在
該準則規定下，對於申報所得數低於以前3年純益率核算之所得者而
言，無論納稅義務人有無辦理結算申報，亦或有無委請會計師查核簽
證皆須依該條準則規定核算所得，未能區分納稅義務人之實際情形而
以齊頭式之平等一體適用，顯非合理，在原告已委請會計師查核簽證
下，應認該申報資料已較非經查核簽證申報之案件具備更高之證明力
，被告應依查核資料加以審查核課，而非一律採推計課稅核定，方符
合司法院釋字第420號解釋所揭櫫之實質課稅原則。
、徵納雙方並無過失，但因不可抗力災害導致營利事業憑證滅失時，法
律並未明文規範徵納雙方應如何提出證據方法，而使系爭年度應課稅
所得額在無法充分確認下趨於合理，此應為法律之漏洞，且因無其他
法律規定可得類推適用，本案法院應依法理加以創設補充：
１、按本案原告因於88年下半年間遭遇不可歸責於納稅義務人或稽徵機關
之不可抗力災害，致其87年度關係所得額之全部或一部之原始憑證滅
失，則原告系爭年度之所得額應如何計算或認定，法律於此並未明文
規定，被告雖據財政部以行政命令之方式所發布訂定之查核準則第11
條第2項，而以原告前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定
之。惟前揭查核準則規定係以法規範來限制證明待證事實所得引用之
證據方法，乃是「待證事實法律化」之現象。而該待證事實法律化之
現象已直接影響人民在稅法上之權利義務，在「稅捐法定原則」與「
法律保留原則」之最低度要求下，規範適格性本身即須先予檢討。其
次，稽徵經濟之考量是否可以「合理化」此等規定之實質合理性﹖再
者，其與量能課稅原則間之權衡是否能通過憲法第23條比例原則之檢
驗，而符合實質法治國原則之要求？更必須仔細檢證（鈞院93訴字第
1844號判決參照）。
２、本案關於原告憑證因不可抗力災害滅失，原告系爭年度關係所得額應
如何計算或認定，法律闕漏未明文規定，該法律應予規範事項卻未加
以規範，不管法律對與他類似之案件是否已作規範，已構成法律之不
圓滿狀態，並可能形成法律漏洞。當法律有漏洞，法院就有續造法之
權限，此並無爭議。蓋法治國家原則所包含權力分立原則要求，司法
裁判應尊重立法者之規範制定特權。然而，假使立法者未發揮其功能
，而司法權如果不自己發現規則，將產生完全不能符合最低法安定性
及正義要求之狀態。是法院應認定證明本案待證事實之證據方法存有
法律上漏洞，並採適當方式加以填補該漏洞。
3、綜上，斟酌本案之爭點係原告因不可抗力原因致憑證滅失，其系爭年
度應課稅所得額，應如何計算與認定始趨於合理，此應有法律規範之
必要，但法律並未明文規定其依據，致產生法律上漏洞而有必要加以
填補。惟本案在實證法上經由類推適用，或目的性的擴張，似亦不能
找到已具構成要件形式之規範依據，此時法院應根據法理念及事理，
試擬規範，即以「創制性的補充」方式來填補法律漏洞之規定。
、原告於本案並無過失，為所遭受到之不利益裁處與過失程度不相當，
顯有違背比例原則及公平原則之處：
營利事業如因不可抗力致使納稅義務人無法保留帳簿憑證，並非為可
歸責於該營利事業之事由，法諺亦云：「無論何人對自己無過失，而
因不可抗力或偶然事故所生之結果，不負責任。」是以，過失責任主
義為民法上之重大原則，故行為人無過失時，在債務不履行上不必負
損害賠償責任，此法諺為無過失責任主義不應予以採用之明徵。故諸
如本案之不可抗力因素導致原告無法保留帳簿憑證，原告就此實無過
失，自不應就此不可抗力之結果負擔責任，或遭受實質上之懲罰。而
本案被告就原告所舉證之會計師核簽證報告完全不採，卻逕依據法無
授權之查核準則規定，將與系爭年度經濟實質完全不符之前3年純益
率平均資料認定為系爭年度之營業成果，違背實質課稅原則，造成原
告虛盈實虧，再就虛盈之部分昧於事實而加以推計課稅，原告於本案
未有任何可歸責之過失，卻因此遭受到實質上與裁罰並無不同之處分
，實與前揭過失責任主義相違背，原告所遭受到之不利益程度與自身
過失程度相較顯不符合比例原則，亦使原告成為同業系爭年度中極少
數課稅所得額為正，須繳稅之企業，對原告實顯違背公平原則。
、又依據改制前行政法院55年判字第347號判例所載：「原告則因同年
九月十二日颱風水災，大部帳證遭毀損滅失，無法提出。此項事實，
既據原告提出證明書為證，亦為被告官署所不爭執。此種因不可抗力
而致不能提示之情形，亦與舊所得稅法第八十條第一項所指未提示之
情形有別，稽徵機關自亦不能遽予逕行決定其所得額。」被告核定所
依據之查核準則第11條之規定亦係以行為時法無明文之規定逕行決定
原告之所得額，與本判例之意旨不符，應將原處分依此判決意旨加以
撤銷。
、再原告於88年9月15日發生火災後，隨即於同年9月17日依查核準則
第11條之規定，向被告所屬中北稽徵所申請核備，亦經該稽徵所以89
年1月28日財北國稅審字第89060355號函核備在案，嗣後被告以89年
第89000853號傳真專用通知函及90年6月19日財北國稅審一字第9002
0752號函分別調閱會計師查核簽證工作底稿並要求會計師補充說明及
檢附相關資料供核，會計師依被告要求提供底稿，並以90年6月27日
勤稅第063號補充說明函覆，可見被告亦認同原告本年度經會計師查
核簽證之營利事業所得稅申報書及會計師之補充說明具有相當程度之
證明能力，否則被告根本無需再為前開調查，被告對前開調查未說明
任何得心證之理而逕依查核準則第11條第2項核定，顯違反行政程序
法第43條之規定，請鈞院衡酌依會計師查核簽證之申報書認定。
、本案係依查核準則第11條第3項核定，與原告之實際納稅能力不相當
：
１、原告88年時遭回祿之災，而使87年度之帳簿憑證均遭燬損滅失，被告
以原告84至86年度之平均純益率核定87年度之課稅所得額為30,079,0
11元，雖符合前揭查核準則第11條第3項推計課稅之規定，惟租稅法
所重視者係納稅義務人真實之納稅能力，此亦為釋字第218號解釋所
揭櫫之意旨，且行政程序法亦要求行政機關於形成行政處分時，對人
民有利及不利之處均應一併考量。依據前3年度有所得之事實實未能
得出87年度亦會有同樣所得能力之論理法則，於以財政部同意下級機
關得逕以前揭方式核定稅捐時，被告仍應依經驗法則及其他各項因素
綜合考量後，以求推計核定之稅額能與實際所得相近，方符所得稅法
「量能課稅」原則之要求，亦符釋字第218號所揭櫫之意旨。
２、故縱認原告因憑證滅失而應負擔無法完全舉證之不利益，本案亦應考
慮影響本案之相關主、客觀因素。原告87年度營所稅經會計師查核簽
證，申報課稅所得額為虧損1億2千餘萬元，該年外部環境經濟不景
氣，股市由年初8千餘點跌落至年底6千餘點，原告所處之營建業產
業狀況反轉向下，營建類股之股價指數由4百餘點降至不足3百點，
而原告之營業情況亦與市場景氣呈同向變動，此自被告核定通知書所
載原告84至86年度純益率年年下降可證（84年度：4.44%，85年度：
2.44%，86年度：1.31%），原告每年度之純益率均僅約略為前年度
之半數，而被告核定認原告87年度之純益率應為前3年度之平均數，
即2.73%，除與客觀之市場景氣不符，亦與原告之經營實況有違，原
核定顯無法反映原告真正之納稅能力，應有必要加以調整合理之純益
率至前一年之一半，才不會造成嚴重違反量能課稅之情形。原告係依
法將帳簿憑證存放於營業場所，營業場所遭回祿之災並非原告所願見
，原告因不可歸責於已之事由遭受不可抗力之火災，被告之核定復造
成「虛盈實虧」「實虧課稅」之情形，實已造原告之雙重損失。
、原告於購買貨物或勞務時已取具憑證據以登帳，且經會計師依相關法
令抽核係屬合法憑證，此有會計師查核報告書可資證明。另原告系爭
年度營業稅均依法定期申報，且未接獲主管稽徵機關申報異常通知，
可證原告申報之收入及費用、進貨屬實。被告僅承認原告申報之收入
，卻否定營業成本及營業費用，顯有矛盾。原告之營業稅進項稅額申
報清冊，詳列記帳憑證號碼可清楚與帳載勾稽；發票號碼及廠商統一
編號可藉由稽徵機關進銷項系統勾稽發票來源係來自正常營運之公司
行號。另由原告之進項稅額調節表可知原告系爭年度之費用除已依法
扣繳申報之薪資、執行業務報酬、租金支出及權利金等費用及分年攤
提之折舊、各項攤提外，原告系爭年度之進貨及文具用品、運費等費
用，均業已取具統一發票為合法之憑證，並無虛列費用支出造成系爭
年度虛虧實盈，逃避稅賦之情事。
、原任會計師於執行查核工作時將查核流程及查核結果，具體詳實做成
記錄，連同所獲得相關佐證資料彙整編製成工作底稿，實代表原任會
計師依據會計師辦理所得稅查核簽證申報須知進行查核，工作底稿具
有足夠之證據力作為原告系爭年度營所稅之課稅依據：
１、原告該年度營所稅申報業經國家賦予專業執照具有公信力之會計師依
所得稅法及相關法令查核申報。會計師稅務簽證時必須依照會計師辦
理所得稅查核簽證申報須知執行查核工作。該申報須知要求會計師於
查核時應保持公正嚴謹之態度，維護公私法益；選擇1個月或抽取足
夠資料予以核對以瞭解受查者內部控制狀況，並依據委任人內部會計
控制制度及會計組織，憑以決定合宜之方法及程序，加以審查或抽查
；依獎勵投資條例、所得稅法、營利事業所得稅結算申報查核準則及
有關法令之規定，一般公認會計原則執行查核；會計師查帳過程，應
備具工作底稿，根據工作底稿編製所得稅查核簽證申報查帳報告書。
原任會計師於執行查核工作時已將查核方法、查核程序、抽查範圍、
查核結果及所做處理，具體詳實做成記錄，連同所獲得資料彙整編定
成工作底稿，並據以提出簽證申報書，故被告所謂之「證據力」應非
僅依附於會計師個人，而係存在於其執行查核工作所編制之工作底稿
。原告原任會計師因故離職，並已依該會計師事務所離職程序辦法辦
理移交，且原任會計師依所得稅法及相關法令執行查核所編製之工作
底稿留存於會計師事務所下，故查核之證據力並未消滅。被告於90年
6月19日要求會計師補充說明廣告費、佣金、兌換損益、利息支出等
科目增加原因；未完工程是否應利息資本化？其他資產內容為何？其
他資產是否有無應收之收益等問題繼任會計師可以藉由檢視原任會計
師具有證據力之工作底稿回覆，並無須重新執行查核工作方能回覆。
故被告補充答辯理由謂：「提出補充說明者並非原簽證申報之會計師
，該補充說明已不具證據力」，實屬謬誤。
２、會計師根據系爭年度完整資料調整各項損益項目，使其符合所得稅法
令規定，其結果符合原告之經濟實質及營運結果。被告即可依據查得
資料為核定，無推計課稅之理。本案被告就原告所舉證之會計師核簽
證報告完全不棌，將與系爭年度經濟實質完全不符之前3年純益率平
均資料認定為系爭年度之營業成果，違背實質課稅原則，造成原告虛
盈實虧，再就虛盈之部分昧於事實而加以推計課稅，使原告所遭受到
之不利益程度與自身過失程度相較顯不符合比例原則，亦嚴重違反量
能課稅之原則。
二、被告主張之理由：
、原告87年度帳簿憑證因88年9月15日不可抗力火災滅失，有原告88年
9月17日報備函及被告89年1月28日准予備查函附案可稽，為原告所
不爭。查核準則第11條第3項所謂「營利事業之帳簿憑證，在辦理結
算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害致滅失者，
應按前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定。」，是本案不
論是否委託會計師查核簽證申報或自行申報，被告依規定均應按前3
年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定，始符合平等原則相同之事
物應為相同之處理。本案帳簿憑證既係因不可抗力滅失，被告按查核
準則第11條第3項規定核定原告當年度之所得額，尚無不合。至主張
被告以查核準則第11條第3項規定核計課稅所得與租稅法律主義相違
，應無適用等情，顯係對前揭法令之誤解，原核定尚無違誤，所訴核
無足採。
、查核準則於92年1月15日前雖無相關法令明文規定授權行政機關訂定
，然財政部基於財稅主管機關之職權，為期課稅公平及處理一致起見
，依據稅捐稽徵法、所得稅法、營業稅法、促進產業升級條例、中小
企業發展條例、商業會計法、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑
證辦法，商業會計處理準則及其他有關法令概括規定，暨工商團體及
會計師公會之建議，乃訂定本準則，自50年開始公布實施，俾為全國
各稅捐稽徵機關一體適用遵循，被告為財政部所屬稽徵機關，自應遵
循辦理。而所得稅法第24條第1項規定「營利事業所得稅之計算，以
其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得
額。」，所得稅法及施行細則對於查帳有關內容無法加以瑣細規定，
查帳工作受到普遍重視，惟由於缺乏一致而周詳之認定標準，徵稅機
關與營利事業雙方爭議甚多，且影響課稅之公平與正確，為使徵納雙
方對營所稅結算申報及核定所得額有所準繩，查核準則具有必要性，
自50年開始實施至今，業已行之多年，目前諸多稅務案件，改制前行
政法院引用查核準則作為判決依據者為數亦多，財政部為配合兩稅合
一制之實施，所得稅法相關法規之修正，並縮短財務會計準則與稅務
法令之差距，以簡化營利事業帳務處理、減輕徵納雙方作業負荷，每
年均會檢討修正，俾便徵納雙方遵循。是查核準則係規定有關營所稅
結算申報之調查、審核等事項，即在執行前揭稅捐稽徵法等法律之規
定而訂定，未逾越稅捐稽徵法等相關之規定，亦未加重人民負擔，與
憲法亦無抵觸，並經司法院釋字第247號及第438號解釋在案。財政
部為因應經濟社會發展，並減少徵納雙方爭議，業於92年1月15日修
正所得稅法第80條第5項賦予本準則法律授權依據，併此陳明。
、原告87年度營所稅結算申報，雖係委託會計師查核簽證申報，被告原
核定時以該會計師查核簽證申報案似有疑義，乃依會計師代理所得稅
事務辦法第14條第1項規定，向簽證會計師調閱工作底稿及函請補充
說明，然提出補充說明者並非原簽證申報之會計師，是該補充說明已
不具證據力，因本案帳簿憑證既經滅失，已無法向原告調閱有關帳證
查核，被告遂依首揭查核準則第11條第3項規定按前3個年度稽徵機
關核定之純益率核定原告當年度之所得額，尚無不合。
、原告主張87年度營業費用可由營業稅進項稅額申報清冊，或扣繳申報
資料勾稽還原乙節：
原告87年營所稅結算申報營業收入淨額1,094,119,461元，營業淨利
為虧損22,647,474元，全年所得額為虧損129,270,681元，雖為會計
師簽證案件，惟係屬簽證異常案，諸如申報廣告費52,117,180元（上
年度核定為23,158,629元），佣金支出4,385,834元（上年度核定為
0）、兌換虧損24,000,662元（上年度核定為27,378元）、利息支出
72,203,658元（上年度核定為495,658元），為何大幅增加？未完工
程83,547,293元，是否應利息資本化？其他資產38,789,000元內容為
何？有無應收之收益？以及查核報告缺第18頁等等，都必須一一查證
認定，故被告分別於89年4月19日及90年6月26日兩次通知簽證會計
師補充說明及提示有關資料供核，然提出補充說明者並非原簽證申報
之會計師，故不具證據力，又原告未提示相關憑證，依所得稅法第83
條規定全年所得應按同業利潤標準淨利率13%（行業代號2640-11）
核定，惟原告因遭火災致帳簿憑證無法提示，被告始改依查核準則第
11條第3項規定，按前3年度核定純益率之平均數2.73%，核定全年
所得額為30,079,011元【（營業收入淨額10,941,119,461＋非營業收
入7,675,800）×2.73%＝30,079,011】，較依同業利潤標準核定更有
利於原告。至原告主張87年度營業費用可由營業稅進項稅額申報清冊
或扣繳申報資料勾稽還原乙節；所得稅法第83條之規定，原告於稽徵
機關調查時有提示帳證之義務，如未提示被告得依查得資料或同業利
潤標準核定其所得額，惟為考量遭遇不可抗力因素致無法提示帳證者
依法核定所得額造成不公，是查核準則第11條另規定可按前3年度核
定純益率平均數核定，以資補救，俾確實反應營利事業之經營事實，
又目前營業稅申報資料之登錄，3聯式統一發票僅登錄銷售總額、出
售人名稱編號及買受人名稱統一編號，2聯式僅登錄銷售總額、出售
人名稱統一編號，而買受人名稱統一編號則未登錄，另一般收據均未
登錄，由於品名、數量及單價等均未不登錄，故無法查證是否與業務
有關，況原告尚有廣告費、佣金支出、兌換虧損、利息支出及未完工
程等尚須查證，該事項除統一發票外，尚必須提示廣告樣張、佣金契
約書、兌換虧損明細計算表、金融機構之結算單或證明書及工程合約
書等以供佐證，是無法就營業稅進項稅額申報清冊或扣繳申報資料勾
稽還原認定，原告所訴，核無足採。
理由
甲、程序方面：
被告代表人原為 張盛和 ，於訴訟中變更為許虞哲，有行政院95年8月
23日院授人力字第0950023637號派令影本1件在卷可稽，茲據繼任者
具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
乙、實體方面：
一、兩造不爭之事實經過：原告87年度營利事業所得稅結算申報，經會計
師查核簽證申報營業收入淨額1,094,119,461元，營業淨利虧損22,6
47,474元，全年所得額虧損129,270,681元，被告初查以原告當年度
帳簿憑證因於88年9月15日遭受災害（火災）滅失，乃依查核準則第
11條第3項規定，按原告前3年度核定純益率之平均數2.73%，核定
全年所得額為30,079,011元【（營業收入淨額10,941,119,461＋非營
業收入7,675,800）×2.73%=30,079,011】。原告不服，迭經復查、
訴願均遭駁回等事實，有原告87年度營利事業所得稅結算申報書、被
告核定通知書、核定稅額繳款書、上述復查決定書及財政部94年7月
25日臺財訴字第09400303790號訴願決定書影本分別附於原處分卷及
本院卷可稽，自堪信為真實。
二、原告循序提起本件行政訴訟，主張：行為時查核準則並未經法律明確
授權，其第11條第2項前段規定，就足以影響人民財產權之租稅法律
事項予以規定，顯有應適用憲法第23條法律保留原則及司法院釋字第
217號、第218號及第313號解釋而未適用之顯然錯誤。縱認當時財
政部有權訂定查核準則，依所得稅法第80條第5項明確訂定之授權範
圍，亦可知財政部僅有權對稅基已確認後之計算方式及調查方法予以
規定，絕不能無法律依據自創稅基或推計課稅甚明，上開規定且未符
實質課稅原則及平等原則，是就原告憑證滅失，被告不得依上述查核
準則規定，獨以原告前3年度純益率核課稅捐，而否准原告之主張。
而原告經會計師依所得稅法及相關法令查核簽證之結算申報書及工作
底稿為證，以說明系爭年度虧損資料，具有證明原告系爭年度實為虧
損之效力，其證明效力顯然大於被告所主張之前3年度平均純益率。
本件徵納雙方並無過失，但因不可抗力災害導致營利事業憑證滅失時
，法未明文規範徵納雙方應如何提出證據方法，而使系爭年度應課稅
所得額在無法充分確認下趨於合理，此應為法律之漏洞，且因無其他
法律規定可得類推適用，法院應依法理加以創設補充。原告無過失，
竟遭受此不利益之裁處，顯有違背比例及公平原則。而被告於原告88
年9月17日報備帳簿憑證因火災滅失後，於89及90年間兩度發函調查
87年度營利事業所得稅之相關事項，經調查後未調整任何收入或費用
，亦足認其同意該年度案件可核實認定云云。
三、本院之判斷：
、按「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所
得額之帳簿、文據，其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利
潤標準，核定其所得額。稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應
提示有關各種證明所得額之帳簿、文據，其未提示者，稽徵機關得依
查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。」行為時所得稅法第83
條第1項定有明文。所稱「查得資料」係指納稅義務人之收益損費資
料；所指「同業利潤標準」乃由財政部各地區國稅局訂定，報請財政
部備查，行為時同法施行細則第72條、第73條分別著有規定。因採申
報納稅制度之租稅，納稅義務人應依據正確之帳簿文據而為申報，稅
捐機關亦應依據該帳簿文據而為課稅處分，亦即所謂實額課稅。惟如
納稅義務人未保存該項資料或拒絕提出，致稅捐機關無從依據直接具
體之資料為課稅處分者，自應許稅捐機關為推計課稅。蓋稅捐機關不
能因為欠缺直接具體資料而放棄課稅，否則無異形成僅對誠實保有正
確資料者課稅，有違租稅公平。
、次按「憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，係指人民僅依法
律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅
之義務。至於課稅原因事實之有無及有關證據之證明力如何，乃屬事
實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍。」司法院釋字第217號解
釋可資參照。而隨著商業環境的改變，營業收益與非營業收益會隨時
變動；社會經濟型態的改變，也會導致新興行業的收入與支出型態改
變。租稅法規客觀上的鉅細靡遺既辦不到，主觀上也不容許鉅細靡遺
，是於租稅法律秩序，特別是營利事業所得稅的課徵，所依據的是由
法律及行政命令所構成的規範組合。而只要與法律規定意旨及法律保
留原則無違，基於租稅經濟上實質課稅原則及實現課稅公平原則計，
自亦容許稽徵機關於具體適用法律時，依其認定事實職權，在法律規
定意旨範圍內，解釋適用法律，以符財稅實務運作的需求。是查核準
則雖於92年1月15日始增訂所得稅法第80條第5項授權賦予其法規命
令之位階，惟於取得授權前，此經財政部依其職權所發布之查核準則
仍不失為行政命令中行政規則之性質，只要其規定內容符合上述說明
，其所屬各機關，自得適用該準則規定。
、復按國家依法課徵所得稅時，納稅義務人應自行申報，並提示各種證
明所得額之帳簿、文據，以便稽徵機關查核。凡未自行申報或提示證
明文件者，稽徵機關以推計核定方法，估算其所得額，並無牴觸憲法
第19條之租稅法定原則，僅應本諸經驗法則，力求客觀、合理，使與
納稅義務人之實際所得額相關，以維租稅公平原則，有司法院釋字第
218號解釋意旨可資參照，是於欠缺證明課稅基礎之帳簿、文據情形
下，基於量能課稅與稅捐負擔公平原則之考量，以推計方法課稅，自
為法之所許。至課稅基礎（即稅捐計算基礎的數量金額）係推計課稅
的客體，推計核定方法本身，並非該課稅基礎（亦即稅基）。而營利
事業以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額
為所得額，課徵營利事業所得稅，為所得稅第24條第1項所明定，如
前所述，納稅義務人有提出帳證之義務。而應提出之帳證因不可抗力
滅失，僅得免依所得稅法第105條處罰，惟為達課稅之目的，仍不得
不就其該年度之課稅所得額為推估，是行為時查核準則第11條第2項
、第3項規定：「營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑
證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，稽徵機
關得依該事業以前三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。
其屬新開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號者，得依上年
度查帳核定當地同業之平均純益率核定之。又災害損失部分，如經查
明屬實，可依第一百零二條予以核實減除。」、「營利事業之帳簿憑
證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災
害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該事業前
三個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外
，申報純益率未達前三個年度核定純益率之平均數者，應按前項規定
辦理。」，特別就因上述不可歸責原因，無法提出帳證之納稅義務人
，考量其個別屬性，以其個人以往納稅能力，推估其之課稅所得額，
原則上當較依據各該業正常營運資料所訂定之同業利潤標準，接近納
稅義務人之真實所得，且與因有可歸責原因而未提出帳證者有所區別
，有其經濟上之合理性，非屬自創課稅基礎，而係就不可抗力所導致
之帳證滅失後，補充所得稅法有關認定課稅所得額之細節、技術性之
判斷基準，符合推計課稅在於發現最大概然率之正確性目標，實已參
酌上述司法院釋字第218號解釋所引申之公平、合理精神，合乎所得
稅推計核定之意旨，且與法律保留原則無違，稽徵機關辦理相關案件
自得適用，本院亦得援用。原告主張上開查核準則第11條規定，乃稽
徵機關自創稅基，有違憲法第23條規定、租稅法定、法律保留原則及
司法院釋字第217、218、313號解釋云云，容有誤解，尚無可採。
、再按「行政法院於撤銷訴訟應依職權調查證據。」行政訴訟法第133
條前段定有明文，此係因撤銷訴訟之當事人，分別為公權力主體之政
府機關及人民，兩造間存在不對等之權力關係，且政府機關之行政行
為恆具專門性、複雜性或科技性，難為人民所瞭解，且每涉公務機密
，人民取得相關資料常屬不易，為免人民因無從舉證而負擔不利之效
果，而有上述規定；是於撤銷訴訟，證據之提出非當事人之責任，法
院依職權調查得代當事人提出，當事人固無所謂主觀之舉證責任。然
職權調查證據有其限度，仍不免有要件不明之情形，故當事人仍有客
觀之舉證責任，民事訴訟法第277條規定：「當事人主張有利於己之
事實者，就其事實有舉證之責任。」，於上述範圍依行政訴訟法第13
6條之規定，仍為撤銷訴訟所準用。而就課稅處分之要件事實而言，
基於依法行政原則，為權利發生事實者，依上開規定，有關營利事業
所得加項之收入，雖應由稅捐稽徵機關負舉證責任。惟有關所得計算
基礎之減項，即「成本」與「費用」，則因屬於權利發生後之消滅事
由，乃屬對納稅義務人有利之事項，且鑑於稅捐稽徵機關所須處理之
案件多而繁雜，有關課稅要件事實，多發生於納稅義務人所得支配之
範圍，稅捐稽徵機關掌握困難，為貫徹公平合法課稅之目的，法律乃
課納稅義務人申報協力義務觀點，是有關成本及費用存在之事實，自
應由主張扣抵之納稅義務人即原告負擔客觀上之舉證責任。原告主張
被告在無任何帳證情形下，應依職權調閱其系爭年度申報營業稅之銷
項發票及進項發票一一勾稽、核對，再依原告扣繳憑單減去薪資等費
用支出，亦可透過固定資產使用年數去推估當年度應計之折舊費用云
云。姑不論目前營業稅申報資料之登錄：3聯式統一發票僅登錄銷售
總額、出售人名稱編號及買受人名稱統一編號；2聯式僅登錄銷售總
額、出售人名稱統一編號，而買受人名稱統一編號則未登錄，由於品
名、數量及單價等均未不登錄，致被告亦無法由此查證勾稽與業務之
關聯性。況原告尚有廣告費、佣金支出、兌換虧損、利息支出及未完
工程等猶待查證（參見後述），該事項除統一發票外，尚必須提示廣
告樣張、佣金契約書、兌換虧損明細計算表、金融機構之結算單或證
明書及工程合約書等以供佐證，原無法單就營業稅進項稅額申報清冊
或扣繳申報資料勾稽還原認定，是原告強將其無法提出帳證之不利益
歸諸被告，非但與所得稅法明文規定不符，亦無視稅捐稽徵之複雜性
，不合理的擴大稽徵機關調查事實之範圍，顯非可採。
、按所得稅法第83條規定應提出之「帳簿、文據」係泛指有關證明納稅
義務人所得額之各種帳簿表冊暨一切足以證明所得額發生之對外及內
部文件單據，營利事業所得稅結算申報資料及會計師之工作底稿，原
不具上述帳簿、文據證明所得額之證明力。另「納稅義務人對於本章
規定各節，有關應行估計報告、申報或申請復查、訴願及行政訴訟等
事項，得委託會計師或其他合法代理人代為辦理；其代理辦法由財政
部定之。」雖為所得稅法第102條第1項所明定，惟經會計師查核簽
證之結算申報案件，並不等同於已經稽徵機關為審核，稽徵機關仍得
為實質之調查，此觀會計師代理所得稅事務辦法第14條第1項規定：
「稽徵機關對於會計師依本辦法代理所得稅簽證申報案件，除對所提
供之查核報告、查核工作底稿以及其他有關報表說明尚有疑義或認為
尚有應行查核事項，得向該會計師查詢，或通知會計師限期補具查核
說明文件，或通知會計師向委託人調閱帳簿文據並備詢說明外，應就
書面查核認定。但會計師逾期未提送帳簿文據或喪失稅務代理人資格
，或其他原因致無法通知時，稽徵機關得直接向該委託人調取帳簿文
據查核。」甚明。是經會計師查核簽證之可信度來自於誠實申報，已
經及未經會計師查核簽證之申報內容，並無當然之優劣區分，是原告
主張有委請會計師查核簽證之申報資料證明力高於未經簽證者，被告
未予區分，於不可抗力致帳證滅失之情形，概為推計課稅，有違平等
原則云云，尚無可採。
、查原告87年營所稅結算申報，雖為會計師查核簽證案件，惟係屬簽證
異常案，諸如申報廣告費52,117,180元（上年度核定為23,158,629元
），佣金支出4,385,834元（上年度核定為0）、兌換虧損24,000,6
62元（上年度核定為27,378元）、利息支出72,203,658元（上年度核
定為495,658元），為何大幅增加？未完工程83,547,293元，是否應
利息資本化？其他資產38,789,000元內容為何？有無應收之收益？等
等，均須逐一查證認定，故經被告通知簽證會計師於89年4月19日、
90年6月26日提示工作底稿及說明，有通知函及原告84至86年度營利
事業所得稅結算申報核定通知書影本附於原處分卷可稽，足見原告87
年度經會計師所簽證之結算申報內容有諸多疑點，而申報內容又無非
源自於其工作底稿，在無帳證佐證勾稽之情形下，自難遽信其等為真
實，要無何公信力可言。又原告帳證於88年9月間滅失，既已在被告
為上開調查前，即經原告向被告申請備查，則被告於上開通知未要求
原告提示帳證，乃事所當然，尚不足以此即認被告對會計師之工作底
稿不得質疑，或有何悖誠信原則情事；而被告既對申報內容存疑，又
乏憑證，自亦無從核實為內容之調整。原告以被告函查後未調整原告
申報內容，主張被告同意其該年度可核實認定，應依其經會計師查核
簽證之申報內容為據，計算應納稅額云云，尚無可採。至改制前最高
行政法院55年判字第347號判例係指營利事業辦理所得稅結算申報時
，帳簿憑證並未有何損失，「被告發還留存以備查核」，其後始遭颱
風災害流失之情形，與本件被告從未有審核原告帳證之機會有所不同
，自無從比附援引，乃附此敘明。
、如前所述，就營利事業所得稅課稅要件中之收入，應由被告舉證，而
成本、費用則應由納稅義務人之原告舉證。以原告於87年度結算申報
書已載明其收入，即自認其於該年度有所得之事實，被告自免其舉證
責任。惟原告就其應負舉證責任之成本、費用部分，申報內容既經被
告具體為上述質疑，自應舉證以實其說。而其因帳證滅失，無法舉證
，倘依前揭所得稅第83條規定，單以其申報之營業收入淨額1,094,11
9,461元，按其同業利潤標準淨利率13%（行業代號2640-11─見本
院卷第136頁）計算核定其所得額，即達142,235,530元（元以下四
捨五入），而被告依查核準則第11條第3項規定，按前3年度核定純
益率之平均數2.73%，核定全年所得額為30,079,011元，顯比依同業
利潤標準核定更有利於原告，復無其他事證足認，被告選擇上述納稅
人本人比率法核定原告所得額，別有何不合理情事，是被告基於該查
核準則所形成之行政自我拘束，為上述推計核定，已係於原告帳證滅
失情形下，衡量國家財政收入之公益及原告所受損害，就其所得額選
擇最有利於原告之方法而為核定，於法尚無不合。至同一行業個別營
業人每每盈虧不定，各有其不同之主、客觀因素，同業利潤乃稽徵機
關按照行業類別，就其轄區內同業者全體作為實地調查對象，並根據
對於該「全部同業」者實地調查收入及支出計算結果，求出其平均率
。原告稱其係同業系爭年度中極少數課稅所得額為正，而須繳稅之企
業云云；姑不論原告所從事之耐火材料製造業，於87年度同業利潤標
準猶有13%，前已敘及，原告就同業大都虧損乙節，又未舉證以實其
說，本難採信。縱如其所言，惟同業中既仍有營業獲利，即不能謂被
告課徵原告系爭營利事業所得稅，係為差別待遇，反益徵本件以本人
比率法推估原告所得額，係較同業利潤標準更接近原告真實所得額（
上述純益率平均數遠低於同業利潤標準）。而事業經營本有起伏，週
期不定，原告前3年度純益有遞降情事，在乏其他事證佐證之情形，
亦無法率而推論其於系爭年度純益亦應為上年度純益之再減。是原告
主張被告上開核定有違比例及公平原則，及本院應對不可抗力致帳證
滅失之營利事業所得額，依法理創設補充云云，亦無可採。
四、綜上所述，原告之主張均無可採。被告按前3年核定純益率之平均數
2.73%核定全年所得額30,079,011元，於法並無不合，訴願決定遞予
維持，亦無違誤，原告猶執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
五、至兩造其餘之攻擊及防禦方法，經本院審酌後，核與本件判決結果不
生影響，故不逐一論究說明，附敘明之。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3項前
段，判決如主文。
中華民國95年9月21日
第七庭審判長法官黃本仁
法官黃秋鴻
法官林玫君
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理
由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上
訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國95年9月21日
書記官黃明和